与此同时，布束砥信终于找到了机会，将多植入了一些程序的“学习装置”用在了新出生的御坂9946号身上。
在唐锦越不经意地建议下，情感控制程序并没有像“学习装置”里其他的学习程序一样即刻生效。这种经过改编的程序是根据使用对象亲身经历的事情，从而产生对应的情绪。对于刚刚出生，宛如白纸一样的克隆人，出现剧烈的感情波动反而很不正常。
因此，御坂9946号在命悬一线的时候，产生了“恐惧”的情感。有了切身实际的体验和情感，再将这些一起共享到御坂网络上，其余的妹妹们也能获得相对应的情感了。
这是布束砥信原本所计划的。而唐锦越却故意没有告诉她御坂妹妹们还有“司令塔”这一存在。
当然，她也没有告诉布束“学习装置”里的程序具体有哪些。
而布束砥信做完这一切之后，选择了跑路。
身为从小就在生物学精神医学领域崭露头角，研究经验丰富的布束，早就联系到了外国一间和学园都市有合作的研究所，趁她的小动作被发现之前坐飞机远走他乡了。
当然，远走之前布束特地清除了自己实验室里唐锦越留下的所有痕迹。
只是，她走了之后实验室里发生了什么就不是她能控制的了。
还没为“量产型能力者计划”被冻结高兴几天的御坂美琴又有了新的烦恼。
她的学妹唐锦越不止一次地跟她说“御坂学姐，你今天真的没有去xxx吗？我在那边看到你了。”或者“御坂学姐，你为什么白天还要戴夜视仪呢？哎？那个不是你吗？”
御坂美琴每次都说“你是不是看错了啊”，但是次数一多，她也开始怀疑了。
“超电磁炮的dna被用来制造军事用途的复制人”这种传言流行了好几年，就跟sb250病毒一样。但是由于围绕着她打转的荒谬谣言多到数不清，所以美琴也没有把这个谣言当真——尤其是她已经知道了“量产型能力者计划”。即使这个计划被冻结了，但是已经充分说明她的克隆人是存在的了。
御坂美琴打从心底起就不愿意相信这是真的。
直到8月份的某一天，她在公园门口遇到了跟她长得一模一样的，脑袋上戴着军用夜视仪的少女。
自称御坂9946号的少女称呼她为“姐姐大人”。
御坂美琴很难说出自己看到自己的克隆人时是什么感情。她询问御坂9946号在参与什么计划，为什么被制造出来。但是被明确告知没有密码就没有权限得知此事。
御坂美琴对御坂9946号的感情很复杂。在被称为“姐姐大人”的时候，她就不自觉地把自己放到了姐姐的位置上，开始照顾这个跟自己一模一样的“妹妹”。
她们一起在公园里吃可丽饼，两个人的口味也是一样的。
她们一起在公园里试图喂小猫，因为身体会无意识地释放出微弱的电磁波，她们一起被小动物嫌弃了，连摸都没摸到。